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Proche voisin de la truite, l’ombre est un des plus beaux poissons de la montagne jurassienne. Il tien son nom scientifique du parfum de thym de sa chair. Anciennement rangé dans la famille des salmonidés, au sein de la sous-famille des thymallinés, il partage avec eux la présence d’une petite nageoire adipeuse derrière la dorsale. Le corps, fusiforme, légèrement bombé, porte une ample nageoire en étendard dorsal irisé, souvent rabattue en arrière sur le dos. La teinte générale est gris verdâtre à gris bleuté, sans rupture entre le dos et les flancs, argentés ou dorés, ponctués de noir et garnis de rangées d’écailles très régulières. La bouche est petite. La pupille, en pointe étirée vers l’avant et cerclée d’or, donne à l’espèce une très bonne vision vers le haut et fait de l’ombre un excellent moucheronneur. Le rapport Taille/poids se situe entre 30 et 40 cm pour 500 g, les observations conduites aux marges de la montagne faisant état, dans le Dessoubre (F-Doubs) notamment, de sujet de 55 cm pour 1,5 kg. Ces valeurs rapprochent les hôtes du réseau hydrographique franc-comtois des ombres de 2 kg d’Europe centrale.

Habitant typique des secteurs ouverts à ample alternance de seuils et de calmes des moyennes et grandes rivières, l’ombre remplace progressivement la truite dans la succession longitudinale des espèces zonales repères de la faune piscicole. Il se déplace en bacs de taille et de nombre assez régulièrement proportionnés avec l’âge, sur les vastes platis courants qu’il affectionne. En grandissant, il fréquente les profonds, sans présenter, comme la truite, un comportement fixé. Il se nourrit à la fois au fond, où il prélève la petite faune des colonies de mousse des nassis, et en surface, où il vient s’alimenter en période chaude et lors des éclosions d’insecte à larves aquatiques. La reproduction a lieu au printemps, toujours dans le lit principal, le choix des frayères répondant à des critères très précis.

Au cours de l’acte nuptial, spectaculaire et brouillant, les mâles fortement colorés arrivent les premiers sur la frayère, les dominant repoussant leurs congénères vers les lieux de reproduction moins favorable. Les femelles venant du fond les rejoignent pour l’appariement. Enveloppées par la nageoire dorsale du mâle, elle enfonce avec lui la partie postérieur du corps dans les graviers, où sont émit les œufs et la laitance. Souvent un petit mal vient se joindre activement au couple pour féconder les œufs. Il arrive fréquemment que certain d’entre eux, généreux et impatient, affichent un comportement homosexuel ou courtisent un barbeau venu fouiller le gravier à la recherche de nourriture.

L’histoire de la répartition de l’ombre, originaire du bassin du Danube, vers les territoires jurassiens remonte au Pliocène inferieur, sa progression vers l’ouest étant plus récente, morcelée et liée aux travaux hydraulique du XVII° siècle. Présent en France dans les hauts bassins de la Loire, de la Seine et du Rhône, il est typiquement réparti en Europe de l’Est dans les bassins rattachés à la mer du Nord, à la Baltique à la mer Noire et à la mer Blanche.

L’ombre est fréquent dans toute la suisse, mais ses populations y ont notablement régressé au cours des dix dernières années. Sa remontée vers les têtes de bassin témoigne du réchauffement naturel général des eaux, dont l’impact est renforcé par de nombreuses activités humaines. Le colmatage des fonds par les dépôts polluants et les développements algaux printaniers précoces sont, pour une large part, à l’origine de la réduction des populations dans les cours d’eau européens et en particulier dans les rivières du Jura.

Dans la montagne jurassienne, l’ombre est, avec la truite, l’espèce la plus rechercher de la portion aval du Doubs frontalier, où l’un de ses territoires d’élection est centré sur le Moulin-du-Plain, entre Goumois (F-Doubs) et Clairbief (CH-Jura).